Trondheim kommunes organisasjonsstruktur er tilrettelagt for å støtte opp om den direkte tjenesteytinga. Kommunens tjenesteytende enheter rapporterer direkte til sin kommunaldirektør.
Det er seks kommunaldirektører som dekker områdene byutvikling, kultur og idrett, helse og velferd, oppvekst og utdanning, organisasjon, og finansforvaltning.